Athugasemdir voru gerðar fyrirfram við nokkur atriði við framkvæmd kosninganna til stjórnlagaþings. Atriði sem snúa að leynd kosninga komust þó lítið í umræðuna enda stóðu kjörstjórnir úti um landið frammi fyrir gerðum hlut þegar þær fengu gögnin í hendur og kjósendur kynntust ekki aðstæðum fyrr en á kjörstað.

Hæstiréttur ógilti kosningarnar vegna þess að kosningaleynd var ekki tryggð. Þar var um að ræða vankanta á kjörseðlum, kjörklefum og kjörkössum. Fyrirkomulagið varð lýðum ekki ljóst fyrr en á kjördag, þegar fólk mætti á kjörstað. Kjörstjórnir fengu atkvæðaseðla og kjörkassa með tilheyrandi leiðbeiningum skömmu fyrir kjördag. Áður hafði þeim borist bréf með leiðbeiningar um uppsetningu pappaskilrúma í stað kjörklefa.

Rætt fyrir kosningar

Hæstiréttur taldi verulega annmarka á framkvæmd kosninganna með því að frambjóðendum var ekki gefinn kostur á að hafa umboðsmenn viðstadda kosningu og talningu og að talningin hefði ekki farið fram fyrir opnum dyrum. Umræða var um þetta fyrir kosningar. Formaður landskjörstjórnar taldi ekki unnt að koma því við að hafa umboðsmannakerfi vegna fjölda frambjóðenda en viðurkenndi að með því væri á vissan hátt verið að skerða réttindi frambjóðenda.

Breytingar voru gerðar á lögunum um stjórnlagaþing í september. Breytt var um form á kjörseðli og veitt heimild til að falla frá ákvörðun um rafræna kjörskrá, auk annars. Ekki hefur komið fram að landskjörstjórn eða dómsmálaráðuneytið hafi óskað eftir breytingum á lögum, til að auðvelda framkvæmd kosningarinnar, eftir að ljóst varð hversu margir buðu sig fram.

Í munnlegum málflutningi í Hæstarétti vakti einn kærenda, Skafti Harðarson, athygli á því að hægt hefði verið að bjóða frambjóðendum upp á að tilnefna saman umboðsmenn eða óska eftir því við þá að falla frá þessum rétti sínum, til að fækka umboðsmönnum. Við sama tækifæri spurði Garðar Gíslason hæstaréttardómari formann landskjörstjórnar hvort landskjörstjórn hefði íhugað aðrar leiðir sem framkvæmanlegar þóttu, svo sem að bjóða frambjóðendum að sameinast um ákveðinn fjölda umboðsmanna eða draga með slembiúrtaki þá umboðsmenn sem framkvæmanlegt var að hafa viðstadda talningu. Fram kom að þessir kostir höfðu ekki verið teknir til sérstakrar umfjöllunar.

Á sér enga hliðstæðu

Nokkru fyrir kjördag gerðu nokkrir einstaklingar athugasemdir við það að blindum og sjónskertum kjósendum væri ekki gefinn kostur á leynilegri kosningu þar sem fulltrúi kjörstjórnar ætti að fylgja þeim inn í kjörklefann. Á síðustu stundu breytti dóms- og mannréttindaráðuneytið leiðbeiningum sínum þannig að blindir og sjónskertir gætu kosið með hjálp eigin aðstoðarmanns.

Kosningarnar voru flóknar fyrir kjósendur. Einnig var á það bent fyrir kosningar, meðal annars af Gunnari Helga Kristinssyni prófessor í stjórnmálafræði við HÍ, að persónukjör með slíkum fjölda frambjóðenda og sæta ætti sér ekki neina hliðstæðu í heiminum.

Misbrestur varð á því að bæklingur þar sem allir frambjóðendur voru kynntir bærist inn á öll heimili landsins. Nokkuð var kvartað undan því. Þá lýsti hluti frambjóðenda óánægju með litla kynningu á framboðum í fjölmiðlum, meðal annars í Ríkisútvarpinu.

Fyrsta talning landskjörstjórnar

Talning atkvæða í kosningunum til stjórnlagaþings fór fram á vegum landskjörstjórnar. Er þetta í fyrsta skipti sem hún hefur það hlutverk því í öðrum kosningum hafa yfirkjörstjórnir í kjördæmum eða sveitarfélögum annast talningu.

Talningin nú var sérstök vegna þess að kosið var um persónur og notað kerfi sem hér hefur ekki verið prófað áður.

Í alþingiskosningum annast yfirkjörstjórnir í kjördæmunum talningu. Landskjörstjórn hefur eftirlit, úthlutar þingsætum og gefur út kjörbréf.

Í þjóðaratkvæðagreiðslunni um Icesave-málið önnuðust yfirkjörstjórnir í kjördæmunum talningu og sendi niðurstöður sínar til landskjörstjórnar. Þá var ekki búið að samþykkja almenn lög um þjóðaratkvæðagreiðslur en þau gera ráð fyrir svipuðu fyrirkomulagi og notað var við stjórnlagaþingskosningarnar.