Háskólinn á Hólum glímir við mikinn uppsafnaðan halla og skuldir. Að mati Ríkisendurskoðunar er staðan mikið áhyggjuefni. Yfirvöld menntamála og forráðamenn skólans þurfa að taka á þessum vanda sem fyrst. Jafnframt þurfa yfirvöld að ákveða framtíðarstöðu skólans. Þetta kemur fram í skýrslu Ríkisendurskoðunar um Hólaskóla.
Árið 2011 birti Ríkisendurskoðun skýrslu þar sem vakin var athygli á erfiðri fjárhagsstöðu Háskólans á Hólum (Hólaskóla). Skólinn glímdi við mikinn uppsafnaðan halla og háar skuldir, einkum við ríkissjóð. Að mati Ríkisendurskoðunar vakti þetta spurningar um hagkvæmni Hólaskóla sem rekstrareiningar. Almennt miðast fjárveitingar til háskóla við fjölda svokallaðra ársnemenda (ígildi nemenda í fullu námi). Skóli þarf að hafa tiltekinn lágmarksfjölda ársnemenda til að geta staðið fjárhagslega undir þeim faglegu kröfum sem gerðar eru til háskóla. Ríkisendurskoðun benti á að fjöldi nemenda við Hólaskóla hefði aldrei náð þessu lágmarki.
Í skýrslu sinni árið 2011 beindi Ríkisendurskoðun samtals tíu ábendingum til skólans og mennta- og menningarmálaráðuneytisins. Ráðuneytið var m.a. hvatt til að ákveða framtíðarstöðu Hólaskóla, tryggja að rekstur hans rúmaðist innan fjárheimilda og finna varanlega lausn á skuldum skólans við ríkissjóð. Stjórnendum skólans var m.a. bent á að þeir yrðu að temja sér aga og fagleg vinnubrögð við fjármálastjórn til að tryggja að rekstur skólans væri innan fjárheimilda. Þá benti Ríkisendurskoðun m.a. á að líkur væru á því að útistandandi viðskiptakröfur skólans væru ofmetnar og því kynni fjárhagsstaða hans að vera verri en ársreikningar segðu til um.
Í nýrri eftirfylgniskýrslu Ríkisendurskoðunar kemur fram að fjárhagsstaða Hólaskóla hefur versnað frá árinu 2010. Í árslok 2013 nam uppsafnaður halli skólans 157 milljónum króna sem samsvaraði um 52% af fjárveitingu ársins. Heildarskuldir skólans námu 245 milljónum króna, þar af nam skuld við ríkissjóð 233 milljónum króna. Útlit er fyrir að uppsafnaður halli muni nema 178 milljónum króna í árslok 2014. Að mati Ríkisendurskoðunar er fjárhagsstaða Hólaskóla mikið áhyggjuefni og brýnt að ráðuneytið og forráðamenn skólans taki á vandanum sem fyrst.
Ríkisendurskoðun telur að ráðuneytið og skólinn hafi ekki brugðist sem skyldi við níu af tíu ábendingum skýrslunnar frá 2011. Stofnunin ítrekar nú þessar níu ábendingar.
Ráðuneytið er hvatt til að:
Stjórnendur Hólaskóla eru hvattir til að:
Auk framangreindra ábendinga hvatti Ríkisendurskoðun ráðuneytið árið 2011 til að gera samning við Hólaskóla um kennslu og rannsóknir. Slíkur samningur var gerður árið 2012 og er ábendingin því ekki ítrekuð.