Eftir jarðskjálftana á Suðurlandi árið 2000 mynduðust sprungur í Kleifarvatni og hverir á nokkrum stöðum sem laðað hafa til sín fiska og síli í vatninu, einkum í suðurhluta þess. Skepnurnar komast þó ekki allar heilar úr þeirri ferð því yfir hverunum er gífurlegur hiti, allt að 100 gráða heitt vatn sem upp kemur.
Gísli Á. Guðmundsson, sem kafaði nýverið í vatninu ásamt félögum sínum segist hafa séð nokkra dauða urriða við hverinn. Eftir skjálftana hefur verið nokkur virkni í vatninu en vatnsborðið engu að síður hækkað, samkvæmt upplýsingum frá Íslenskum orkurannsóknum og Vatnamælingum Veðurstofunnar.