Verkefni sem snerist um kynbætur á eldisþorski og seiðaframleiðslu fékk tæpar 280 milljónir af rannsóknarfé AVS-sjóðsins á fimmtán ára tímabili og var oft stærsta verkefni hans. Verkefninu hefur nú verið hætt vegna þess að árangur varð ekki í samræmi við væntingar og eldisfyrirtækin hættu með þorskinn.
Þegar þorskeldið náði hámarki, á árinu 2009, voru framleidd um 1.800 tonn. Hluti þess var aleldi á seiðum úr kynbótaverkefninu en stór hluti var áframeldi á villtum undirmálsþorski.
Ekki tókst að framleiða nógu góð seiði til þess að eldisfyrirtækin sæju sér hag í því að stunda þorskeldi. Laxeldi var talið vænlegra vegna þróaðri aðferða og hás verð á afurðum.
Þótt AVS hafi ákveðið að hætta að styrkja þorskeldisverkefnið varðveitir Hafró úrval af kynbótafiskinum í tilraunaeldisstöð sinni í Grindavík. Ef aðstæður breytast verður hægt að hefja framleiðslu seiða á ný.
Agnar Steinarsson, sjávarlíffræðingur hjá Hafrannsóknastofnun, segir að verkefnið hafi skilað töluverðri þekkingu sem nýtist í eldi á öðrum tegundum. Jafnframt hafi langtímarannsókn á vaxtarfræði þorsks sem unnin var samhliða skilað nýjum og spennandi upplýsingum sem geti haft notagildi í fiskifræði.